Il Passo dell'Alpisella collega Bormio a Livigno, attraverso la Valle di Fraèle, un'area in alta quota un tempo molto frequentata, sia per pascolare il bestiame che per l'estrazione del ferro. Da questo punto verso occidente, l'ampia e pressoché pianeggiante superficie è bruscamente interrotta dall'incisione del torrente che scende verso il lago artificiale di Livigno; verso oriente invece il pendio si prolunga per quasi due chilometri in una valle dolcemente digradante, sino alla stretta forra che si apre sul bacino artificiale di San Giacomo. Tutt'e due sono denominate nella cartografia "valle di Alpisella", forse perché raccordate da una vasta area piatta, entro cui è difficile individuare il vero e proprio spartiacque.

Le due valli di Alpisella si sviluppano lungo un'unica linea retta, orientata est-ovest, poiché il loro andamento è controllato dalla struttura geologica del territorio circostante: durante l'orogenesi alpina, infatti, lungo questa linea il piastrone di dolomie massicce del versante settentrionale si è accavallato sui ben stratificati calcari marnosi e marne del versante meridionale. Nell'intorno del sovrascorrimento, le dolomie sono state profondamente fratturate, divenendo friabili e facilmente attaccabili dall'erosione che ha modellato le due valli; da qui si distingue bene sulla cresta quello che resta della roccia tettonizzata, nonché le estese falde di detrito originate dalla sua disgregazione. 

Nonostante il suo aspetto piano e poco appariscente, assieme ai passi del Foscagno e di Val Trela, il passo di Alpisella è uno dei valichi più interessanti della Valtellina. Le acque meteoriche che cadono a est di questa sella, infatti, si uniscono a quelle dell'Adda, le cui sorgenti sono poco sotto, con esso confluiscono nel Po, e da qui entrano nel Mediterraneo; quelle che cadono a ovest invece raggiungono lo Spöl, il fiume di Livigno, che è tributario dell'Inn, affluente a suavolta del Danubio, fiume che si getta nel Mar Nero. In una parola, questo è lo spartiacque fra il Mediterraneo e il Mar Nero, un vero confine quini di importanza europea.